オートクレーブ（加圧加熱滅菌）などでは、血の固まりの中のウイルスや変質した蛋白質を死滅させる事はできず、通常の針の殺菌・滅菌処理では、ウイルスの感染を防げない。特にC型肝炎の伝染に注意する必要が有る。そのため、血液の付着する針やインクは毎回使い捨てにするのが普通である。

また、刺青を入れた者に対してはMRI検査を行うことはできない場合がある（特に日本で）。欧米や、日本でも最近のタトゥースタジオで用いられているタトゥー用インクには金属が含まれていないため、MRI検査にも問題がないが、日本の伝統的な刺青には発色を良くするために金属を含んだ色素が使われている場合があるため、知らずにMRI検査を受けてしまうと火傷を負ったり、刺青が変色したりする場合がある。トラブルを避ける目的からも、事前に問診表などで確認される場合がある。

美容外科では以前より刺青除去の手術がおこなわれているが、肌の表面を削りガーゼで顔料をすいとる方法を繰り返したり、自家植皮をしたり、小さければ縫い合わせたり、レーザーで色素を分解したりする。

これらの除去手術は手術痕が残る上、再三に亘る手術が必要であり、患者は苦痛に耐え続ける必要があり、保険非適用であるため多額の費用が必要となり、難治療であるとされる。

刺青を入れる際は、こうした事情を十分に考慮する必要が有る。